Conforme portaria da Controladoria-Geral da União No 262, de 30 de agosto de 2005, a CAPES disponibiliza para divulgação pública em seu sítio eletrônico os arquivos referentes aos relatórios de gestão, relatórios e certificados de auditoria, com pareceres do órgão de controle interno, e pronunciamentos do Ministro de Estado.
Os arquivos estão organizados por exercício ao qual se referem as contas, conforme relação abaixo: